कोकणातील प्रत्येक देवस्थान आणि देवतांविषयी वेगवेगळ्या दंतकथा आहेत.
 हिंदुस्थानच्या आठ दिशांत आठ द्वार देवता आहे. त्यापैकी गणपतीपुळ्यातील देवता ही पश्चिमद्वार देवता आहे. मोगलाईच्या काळात ( सुमारे इ.स. १६०० च्या पूर्वी ) आज ज्या ठिकाणी स्वयंभू गणेश मंदिर आहे, त्या ठिकाणी डोंगराच्या पायथ्याशी केवड्याचे बन होते. त्या ठिकाणी बाळंभटजी भिडे हे ब्राह्मण रहात होते. ते गावचे खोत होते. मोगलाईच्या काळात भिडेंवर संकट कोसळले. भिडे हे दृढनिश्चयी होते. "आलेले संकट निवारण झाले तरच अन्नग्रहण करीन", असा निश्चय करुन त्यांनी आराघ्य दैवत मंगलमूर्तीची उपासना करण्यासाठी या केवड्याच्या बनात तपस्या करण्यासाठी मुक्काम केला.

       

अन्नपाणी वर्ज करणाऱ्या भिडेंना एके दिवशी दृष्टांत झाला की, "मी या ठिकाणी भक्तांच्या कामना परिपूर्ण करण्यासाठी आगरगुळे (गणेशगुळे) येथून दोन गंडस्थळे व दंतयुक्त स्वरुप धारण करुन प्रकट झालो आहे. माझे निराकार स्वरुप डोंगर हे आहे. माझी सेवा, अनुष्ठान, पूजाअर्चा कर, तुझे संकट दूर होईल." असा दृष्टांत झाला. त्याच कालखंडात खोत भिडे यांची गाय सतत काही दिवस दूध देत नव्हती. म्हणून गुराख्याने बारीक लक्ष ठेवले. तेव्हा त्याला दिसले की सघ्याच्या मूर्तीच्या जागी डोंगरावरील एका शिळेवर गायीच्या स्तनातून सतत दूधाचा अभिषेक होत होता. हा प्रकार त्याने खोतांना सांगितला, त्यांनी तात्काळ सर्व परीसराची सफाई केली व त्यांना दृष्टांतातील गणेशाची मूर्ती आढळली. त्या ठिकाणी गवताचे छप्पर घालून त्यांनी छोटेसे मंदिर उभारले. सारी धार्मिक कृत्ये भिडे भटजींनी सुरु केली.

        गणपतीपुळ्याला गणपतीपुळे हे नाव कसे पडले याचीही एक कथा आहे. पूर्वी या गावात फारशी वस्ती नव्हती. वस्ती झाली ती गावाच्या उत्तरेच्या बाजूला. गाव पश्चिम दिशेने उतरण असून बराचसा भाग पुळणवट आहे. हिंदुस्थानच्या पश्चिम भागाची मुख्य सीमा जो सिंधुसागर आहे, त्या लगतचे गाव असून सकल देवतांमध्ये आराध्यदैवत अशी श्री मंगलमुर्ती तिने आपल्या निवासस्थानाला योग्य ठिकाण असे पाहून या समुद्रकिनारी निवास केला आहे. समुद्रापुढे पुळणीचे (वाळूचे) भव्य मैदानात गणपतीचे महास्थान असल्यामुळे या गावाला गणपतीपुळे म्हटले जावू लागले.