इंग्रज व सिद्दी यांना शह देण्यासाठी शिवाजी महाराजांनी थळ जवळील खांदेरी बेटावर किल्ला बांधला. ह्या जलदुर्गामुळे इंग्रज व सिद्दी यांच्या समुद्रातील हालचालींवर लक्ष ठेवणे. मराठ्यांना सहज शक्य होते. त्यामुळे इंग्रज व सिद्दी अस्वस्थ झाले. खांदेरीच्या ह्या किल्ल्यावर हल्ला करण्यासाठी आणि मराठ्यांच्या समुद्रातील हालचालींना चाप लावण्यासाठी सिद्दीने खांदेरी पासून दीड किमी अंतरावर असलेल्या उंदेरी बेटावर किल्ला बांधला. हा किल्ला खांदेरी बेट व खुबलढा किल्ला(थळचा किल्ला) ह्यांच्या दरम्यान असल्यामुळे उंदेरीचा किल्ला बांधल्यापासून सिद्दी व मराठे यांच्यात कायम चकमकी होत राहील्या. 

होडीतून उंदेरीच्या खडकावर उतरल्यावर आपण भग्नावस्थेतील प्रवेशद्वारापाशी येतो.

्रवेशद्वाराची कमान शाबुत आहे. प्रवेशद्वारातून आत आल्यावर दक्षिणोत्तर पसरलेला हा किल्ला पाहाण्यासाठी दक्षिणेकडून सुरुवात करावी. डाव्या बाजूने चालत गेल्यावर पावसाळी पाणी साठवण्यासाठी ३ हौद (टाक्या) आहेत. त्यापैकी तिसरा हौद हा इतर हौदांपेक्षा मोठा असून त्यात उतरण्यासाठी कमान व पायर्‍य़ा आहेत. हौदांच्या पुढे राजवाड्याचे अवशेष आहेत. ह्यात भिंतीतील कोनाडे, देवळ्या व प्रवेशद्वार पाहाता येते. राजवाड्याच्या पुढे तुळशीवृंदावन आहे. त्याच्या जवळील बुरुजावर ३ तोफा आहेत. किल्ल्याच्या दक्षिणेकडील बुरूजावर २ तोफा व तटबंदीवर ४ तोफा इतस्तत: पडलेल्या आहेत. दक्षिणेकडील दुसर्‍य़ा बुरुजात चोर दरवाजा आहे, तेथे जाण्यासाठी फरसबंदी मार्ग बनवलेला आहे. किल्ल्याच्या पश्चिमेची तटबंदी ढासळलेली आहे. तेथून खांदेरी दुर्गाचे दर्शन होते. पश्चिम तटावरील बुरुजात एक दरवाजा आहे. गडाच्या उत्तरेकडे दोन बुरुज आहेत, त्यापैकी एकावर २ व दुसर्‍य़ावर ४ तोफा आहेत. इशान्येकडील बुरुजात किल्ल्यातून वर बुरुजावर जाण्यासाठी छोटा दरवाजा आहे. उंदेरी किल्ल्याच्या चार कोपर्‍य़ावर ४ भक्कम बुरुज आहेत व पूर्व-पश्चिमेला प्रत्येकी ४ असे एकूण १२ बुरुज आहेत. ह्या बुरुजांच्या मध्यभागी चौकोनी / गोलाकार खोलगट जागा ठेवलेल्या आहेत.